เส้นทางเดินเรือสามารถแบ่งได้เป็น 3 สาย คือ[5][6]

1.  สายสีเขียว  ซิตี้ ไลน์ (City Line) : ให้บริการเส้นทางตั้งแต่ท่าเรือพระปิ่นเกล้า - ท่าเรือสาทร ให้บริการทุกวัน ค่าโดยสาร 20 บาทตลอดสาย เรือออกทุก 45 นาที[7][8]
   • จากท่าเรือพระปิ่นเกล้า เที่ยวแรกเวลา 07.30 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 18.00 น.
   • จากท่าเรือสาทร เที่ยวแรกเวลา 07.30 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 17.30 น.
2.  สายสีน้ำเงิน  เมโทร ไลน์ (Metro Line) : ให้บริการเส้นทางตั้งแต่ท่าเรือพระราม 7 - ท่าเรือสาทร ให้บริการทุกวัน ค่าโดยสาร 20 บาทตลอดสาย[7][8]
   • วันธรรมดา
     • จากท่าเรือพระราม 7 เที่ยวแรกเวลา 06.30 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 17.05 น.
     • จากท่าเรือวัดวรจรรยาวาส เที่ยวแรกเวลา 07.25 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 18.00 น.
   • วันหยุด วันเสาร์ อาทิตย์ และในวันหยุดนักขัตฤกษ์
     • จากท่าเรือพระราม 7 เที่ยวแรกเวลา 07.30 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 16.25 น.
     • จากท่าเรือวัดวรจรรยาวาส เที่ยวแรกเวลา 08.25 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 17.20 น.
3.  สายสีม่วง  เออร์เบิน ไลน์ (Urban Line) : ให้บริการเส้นทางตั้งแต่ท่าเรือพระนั่งเกล้า - ท่าเรือสาทร ให้บริการทุกวัน ค่าโดยสาร 20 บาทตลอดสาย[9]
   • วันธรรมดา เรือออกความถี่ 15 นาที - 1 ชั่วโมง/ลำ[7]
     • จากท่าเรือสะพานพระนั่งเกล้า เที่ยวแรกเวลา 06.05 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 17.10 น.
     • จากท่าเรือสาทร เที่ยวแรกเวลา 06.05 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 18.30 น.
   • วันเสาร์ และวันหยุดนักขัตฤกษ์ เรือออกความถี่ 35 - 50 นาที/ลำ
     • จากท่าเรือสะพานพระนั่งเกล้า เที่ยวแรกเวลา 06.50 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 17.10 น.
     • จากท่าเรือสาทร เที่ยวแรกเวลา 08.10 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 18.30 น.
   • วันอาทิตย์ เดินเรือขาละ 8 เที่ยว
     • จากท่าเรือสะพานพระนั่งเกล้า เที่ยวแรกเวลา 07.40 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 16.10 น.
     • จากท่าเรือสาทร เที่ยวแรกเวลา 09.00 น. เที่ยวสุดท้ายเวลา 17.30 น.